細菌的存在嚴重影響石油的開采與儲運，危害較大的是硫酸還原菌和鐵細菌。危害主要是導致鋼鐵腐蝕、地下滲透率下降等。硫酸還原菌為厭氧菌，它氧化有機物，還原硫酸鹽。現在發現的硫酸還原菌有十幾種菌株，它們除了還原硫酸鹽外，有些還還原羧酸鹽。硫酸還原菌存在于深部與淺部地下水中，經常與油藏關聯在一起。

    硫酸還原菌的存在主要會引起管道腐蝕、地層堵塞和使解堵劑降解。

    腐蝕的機理主要是：新陳代謝本身是氧化一還原反應，使金屬參與電子傳遞；產生的H2S本身具有腐蝕性；形成外腐蝕產物等。堵塞的主要原因是H2S與Fe離子形成不溶的Fes沉淀，它和細菌排泄物一起封堵地層，使滲透率下降。細菌的存在會使注入到地層的提高采收率的化學劑如聚丙烯酰胺、石油磺酸鹽等降解而失去作用。   

    對于細菌所造成的問題有兩個途徑可以解決，二是使用抗菌材料，二是使用殺菌劑。最早使用的殺菌劑為甲醛和陽離子表面活性劑，其主要作用機理是破壞細胞壁，使細菌死亡。

殺菌劑的技術指標有：室內殺菌效果為100％；現場殺菌效果對不同油藏有不同的要求，應與室內結果接近；應無腐蝕性；有好的溶解性和配伍性。

油田早期使用的較為成功的殺菌劑為十二烷基三甲基氯化銨、甲醛、氯氣及其復合物。但由于細菌逐漸產生抗藥性，又發展了許多新的殺菌劑，如：十二烷基二甲基芐基氯化銨；十二烷基二甲基芐基溴化銨，后者較前者效果好，但價格高；十二烷基胺鹽，有好的殺菌和剝離作用，還有緩蝕作用，在勝利油田東辛采油廠使用很成功；脂肪胺、有機酸和氫的氨化物合成的胍鹽；烷基雙胍鹽；聚氮雜環季銨鹽；其他表面活性劑復配體系等。

    由于油田環境不同，雖然主要細菌是相同的，但也應該根據具體條件選擇適當的殺菌劑。因為表面活性劑受水中其他成分的影響，另外不同的細菌有不同的抗藥性。為了解決抗藥性，殺菌劑也應不斷發展，從單一走向多元。